Metal Gear Solid 2: Substance é uma das várias versões especiais da série Metal Gear que sempre acompanham os principais lançamentos da franquia. Neste caso, Substance é uma versão especial para o jogo Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty.

O game contém o jogo original, com todo o enredo que acompanha o protagonista Raiden, além de incluir novos efeitos visuais nos momentos em que o óculos infravermelho está ativado. A principal novidade fica, entretanto, ao encargo das 500 mini-missões; pequenos desafios sem história pré-determinada que colocam o jogador na pele de Raiden ou Solid Snake em diversos ambientes já familiares àqueles que jogaram a aventura principal. Como prêmio para as missões concluídas com sucesso, novos uniformes são disponibilizados ao jogador, tais como o traje avançado do tipo exoesqueleto.

O título era originalmente exclusivo para Xbox e, posteriormente, foi portado para o PC e o PS2, apresentando neste último console um inusitado modo chamado "Skateboarding Mode".